mouse-ul casei (mus musculus) este un mamifer mic de ordinul Rodentia, având în mod caracteristic un bot ascuțit, urechi mici rotunjite și o coadă lungă goală sau aproape fără păr. Este una dintre cele mai abundente specii din genul Mus. Deși este un animal sălbatic, șoarecele de casă trăiește în principal în asociere cu oamenii.Șoarecele de casă a fost domesticit ca animal de companie sau șoarece fantezist și ca șoarece de laborator, care este unul dintre cele mai importante organisme model din biologie și medicină.
Adunarea
GRCm38.Adunarea p6 a fost depusă de Genome Reference Consortium în septembrie 2017. Ansamblul este la nivel cromozomial, format din 885 contiguri asamblate în 336 schele. Din aceste secvențe au fost construite 21 de cromozomi. Dimensiunea N50 este lungimea astfel încât 50% din genomul asamblat se află în blocuri de dimensiunea N50 sau mai mult. Lungimea N50 pentru contigs este de 32.273.079, în timp ce schela N50 este de 52.589.046.
adnotare genică
procesul de adnotare genică a fost realizat folosind o combinație de alinieri proteine-genom, cartografiere adnotare de la o specie de referință adecvată și alinieri ARN-seq (unde datele ARN-seq cu meta-date adecvate au fost disponibile publicului). Pentru fiecare regiune genică candidată, a fost aplicat un proces de selecție pentru a alege cel mai adecvat set de transcrieri pe baza distanței evolutive, a dovezilor experimentale pentru datele sursă și calitatea aliniamentelor.Ncrn-urile mici au fost obținute folosind o combinație de BLAST și Infernal/RNAfold. Pseudogenele au fost calculate prin analizarea genelor cu un procent mare de introni non-biologici (introni de <10bp), unde gena a fost acoperită în repetări sau unde gena a fost un singur exon și s-au găsit dovezi ale unui paralog funcțional multi-exon în altă parte a genomului. lincrna-urile au fost generate prin date ARN-seq în care nu s-au găsit dovezi ale omologiei proteinelor sau ale domeniilor proteice în transcriere.
în conformitate cu acordul de la Fort Lauderdale, vă rugăm să verificați starea publicării genomului/ansamblului înainte de a publica orice analiză la nivel de genom folosind aceste date.
