în 1927, Herskovits s-a mutat la Universitatea Northwestern din Evanston, Illinois ca antropolog cu normă întreagă. În 1928 și 1929, el și soția sa Frances Herskovits au lucrat pe teren în Surinam, printre Saramaka (pe atunci numit Bush Negroes) și au scris împreună o carte despre oameni.
în 1934, Herskovits și soția sa Frances au petrecut mai mult de trei luni în satul Haitian Mirebalais, rezultatele cercetărilor pe care le-a publicat în cartea sa din 1937 viața într-o vale haitiană. La vremea sa, această lucrare a fost considerată una dintre cele mai exacte reprezentări ale practicii haitiene a lui Vodou. Ei au detaliat meticulos viețile și practicile Vodou ale rezidenților Mirebalais în timpul șederii lor de trei luni. Au desfășurat activități de teren în Benin, Brazilia, Haiti, Ghana, Nigeria și Trinidad. În 1938, Herskovits a înființat noul departament de Antropologie la Northwestern.
la începutul anilor 1940, Herkovits și soția sa Frances s-au întâlnit Barbara Hadley Stein, care se afla în Brazilia pentru a face cercetări privind abolirea sclaviei acolo. Ea le-a prezentat Stanley J. Stein, student absolvent în istoria Americii Latine la Harvard. Cu sfaturi de la Herkovits, Stein și Stein au înregistrat cântece negre numite jongos, care au fost recenta primit o atenție științifică considerabilă. Herskovits l-a influențat și pe Alan Lomax, care a adunat cântece afro-americane.
în 1948, Herskovits a fondat primul program american interdisciplinar major în studii africane la Universitatea Northwestern cu ajutorul unui grant de trei ani, de 30.000 de dolari de la Fundația Carnegie, urmat de un grant de cinci ani de 100.000 de dolari de la Fundația Ford în 1951. Programul de studii africane a fost primul de acest gen la o instituție academică din Statele Unite. Obiectivele programului au fost de a ” produce cercetători de competență în disciplinele lor respective, care vor concentra resursele domeniilor lor speciale pe studiul aspectelor vieții africane relevante pentru disciplinele lor.”
Biblioteca de studii africane Melville J. Herskovits de la Universitatea Northwestern, înființată în 1954, este cea mai mare colecție separată Africana din lume. Până în prezent, conține peste 260.000 de volume legate, inclusiv 5.000 de cărți rare, peste 3.000 de periodice, reviste și ziare, colecții de arhivă și manuscrise, 15.000 de cărți în 300 de limbi africane diferite, colecții extinse de hărți, afișe, videoclipuri și fotografii, precum și resurse electronice. În 1957, Herskovits a fondat Asociația de studii africane și a fost primul președinte al organizației.
Cartea lui Herskovits mitul trecutului negru este despre influențele culturale africane asupra afro-americanilor; respinge ideea că afro-americanii și-au pierdut toate urmele trecutului când au fost luați din Africa și înrobiți în America. El a urmărit numeroase elemente exprimate în cultura afro-americană contemporană care ar putea fi urmărite în culturile africane. Herskovits a subliniat rasa ca un concept sociologic, nu unul biologic. De asemenea, a ajutat la falsificarea conceptului de relativism cultural, în special în cartea sa Omul și lucrările sale. Această carte examinează în profunzime efectele occidentalizării asupra africanilor din diverse culturi care au fost aduși în timpul sclaviei în America și care au dezvoltat apoi o cultură afro-americană distinct diferită ca produs al acestei deplasări. Așa cum Leroi Jones a comentat acest text, unii cred că introducerea acestor africani în creștinism este ceea ce a propulsat o astfel de occidentalizare. Conceptele creștine au mutat narațiunile sclavilor de la accentul pus pe călătoria acasă în țările lor africane de origine la călătoria acasă pentru a-l vedea pe Domnul lor, în cer. Dezvoltarea Bisericilor Creștine afro-americane, care a servit ca unul dintre singurele locuri pentru a oferi acestor popoare acces la mobilitatea socială, a stabilit în continuare o cultură distinct occidentală în rândul africanilor din America. Împreună cu aceste biserici au venit spiritualele negre, care sunt citate ca fiind probabil primul tip de muzică originară din America făcută de africani. Cu toate acestea, dezvoltarea unor astfel de spirituali a inclus influența directă din rădăcinile africane. Acest lucru a devenit evident într-o serie de aspecte ale spiritualelor, de la includerea liniilor de apel și răspuns și a scalelor alternative la timbrele și ritmurile variate. Toate acestea arată că afirmațiile lui Herskovits din această carte poartă mult adevăr și acuratețe în ceea ce privește stabilirea identității afro-americane ca descendentă a celei africane și modul în care muzica a jucat în astfel de schimbări.
Herskovits a dezbătut cu sociologul Franklin Frazier natura contactului cultural în emisfera vestică, în special cu referire la Africani, europeni și descendenții lor. Frazier a subliniat modul în care africanii s-au adaptat la noul lor mediu din America. Herskovits a fost interesat să arate elemente de continuitate din culturile africane în comunitatea actuală.
după Al Doilea Război Mondial, Herskovits a susținut public independența Națiunilor Africane față de puterile coloniale. El a criticat puternic politicienii americani pentru că au privit națiunile africane ca obiecte ale strategiei războiului rece. Chemat frecvent ca consilier al Guvernului, Herskovits a făcut parte din Comitetul primarului pentru Relații rasiale din Chicago (1945) și Comitetul pentru Relații Externe al Senatului SUA (1959-60).
