NdeI este o enzimă specifică de restricție de tip II care taie secvențe țintă specifice deschise, spre deosebire de exonucleaze. Această enzimă este utilizată în clonarea genelor pentru a tăia cadrele de citire deschise în plasmida anumitor bacterii, cum ar fi E. coli și introduceți o genă străină, cum ar fi gena gfpuv care codifică bio fluorescența peștelui jeleu Aequorea victoria.
NdeI este util în generarea ADN heterolog construct deoarece conține codonul de pornire ATG. Prin urmare, poate fi utilizat în unii vectori de Expresie, cum ar fi cei din Seria PET de vectori, pentru ligarea începutului unei gene atunci când se face o construcție de Expresie. Rețineți totuși că NdeI generează doar o consolă cu două baze și, prin urmare, are o temperatură de topire mai mică decât alte enzime de restricție care generează o consolă cu patru baze. Are o eficiență de ligare mai mică, deoarece ligarea este afectată de capacitatea capetelor de recoacere și o consolă cu două baze are o temperatură de topire semnificativ mai mică comparativ cu o consolă cu 4 baze. Ligarea capetelor generate de NdeI se realizează, prin urmare, cel mai bine cu o concentrație mai mare de ligază, cu un timp de ligare mai lung, fie la temperatura camerei, 14-16 centimetric c, fie la 4 centimetric C.
