Pe Oct. 9, 1962, Uganda a devenit independentă, cu Dr. Apollo Milton Obote, un lider Lango al UPC, ca prim-ministru. Buganda a primit o autonomie considerabilă. În 1963, Uganda a devenit republică, iar Mutesa a fost ales președinte. Primii ani de independență au fost dominați de o luptă între Guvernul central și Buganda. În 1966, Obote a introdus o nouă constituție care a pus capăt autonomiei Bugandei. Baganda a protestat energic și părea pe punctul de a lua armele când Obote a capturat Palatul kabaka de la Mengo, i-a forțat pe kabaka să fugă din țară și a pus capăt rezistenței efective a Bagandei.
în 1967 a fost introdusă o nouă constituție, oferind guvernului central—în special președintelui—multă putere și împărțind Buganda în patru districte; regatele tradiționale au fost, de asemenea, abolite. În 1969, Obote a decis să urmeze un curs de stânga în speranța de a reduce diferențele etnice și regionale ale țării printr-o politică socială comună.
Uganda a trecut de atunci prin vremuri tulburi. În Ianuarie. În 1971, Obote, la acea vreme în afara țării, a fost destituit într-o lovitură de stat de către generalul-maior Idi Amin. El urma să conducă țara în următorii opt ani.
în 1978, Uganda a invadat Tanzania în încercarea de a anexa Regiunea Kagera. Tanzania a lansat o contra-invazie de succes în 1979 și a unificat efectiv diferite forțe anti-Amin sub Frontul de Eliberare Națională din Uganda (UNLF). Forțele lui Amin au fost alungate și Amin însuși a fugit din țară.
Uganda urma să aibă mai mulți șefi de stat sub UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa, și Paul Muwanga în calitate de președinte al Comisiei Militare.
unlf, suferind de conflicte interne, a fost înlăturat de la putere de Milton Obote și de partidul său, Congresul Poporului din Uganda. Armata Națională de rezistență (NRA) a desfășurat campanii de gherilă în toată țara și, în urma retragerii trupelor Tanzaniene în 1981, a atacat foști susținători ai Amin. La începutul anilor 1980, aproximativ 200.000 de Ugandezi au căutat refugiu în Rwanda, Congo și Sudan. În 1985, o lovitură de stat militară l-a detronat pe Obote, iar generalul-locotenent Tito Okello a devenit șeful statului.
când nu i s-a acordat un rol în noul regim, NRA și-a continuat campania de gherilă și a luat Kampala în 1986, iar liderul său, E. S. Yoweri Kaguta Museveni, a devenit noul președinte.
Uganda a adoptat o nouă Constituție în octombrie 1995 ca legea supremă a țării care a stabilit de atunci o bază pentru guvernarea democratică în țară.
