Fowler a fost membru al unui grup minoritar care deținea 49,32% din părinți. Grupul, condus de directorul executiv al Padres de atunci Jeff Moorad, a încercat să cumpere Padres de la proprietarul care controlează John Moores pentru 530 de milioane de dolari, dar tranzacția a căzut în aprilie 2012. Fowler l-a înlocuit apoi pe Moorad ca partener general al grupului minoritar și a servit în Comitetul Executiv Padres.
Fowler s—a alăturat unui nou grup pentru a cumpăra Padres care includea patru moștenitori ai familiei O ‘ Malley-care deținea franciza Los Angeles Dodgers timp de cinci decenii. Kevin și Brian O ‘Malley sunt fiii fostului proprietar Dodgers Peter O’ Malley și nepoții lui Walter O ‘ Malley, proprietarul care i-a mutat pe Dodgers spre Vest din Brooklyn după sezonul 1957. Peter și Tom Seidler sunt nepoții lui Peter O ‘ Malley. MLB a aprobat vânzarea de 800 de milioane de dolari, care a fost finalizată pe 28 August 2012. Până la 200 de milioane de dolari din prețul de vânzare a inclus participația de 20% a echipei Fox Sports San Diego, un canal de cablu care plătește taxele anuale Padres ca parte a unui acord de 1,2 miliarde de dolari, pe 20 de ani. Fowler a fost numit președinte executiv al grupului de proprietari și a fost desemnat să reprezinte Padres în toate întâlnirile Ligii. El a devenit prima persoană de control locală a echipei de la proprietarul fondator C. Arnholdt Smith. În cadrul grupului Fowler/Siedler/O ‘ Malley, Padres au semnat 3 jucători la contracte care au bătut contractul record de franciză anterior, oferind 6 ani și 83 de milioane de dolari lui Wil Myers în ianuarie 2017, 8 ani și 144 de milioane de dolari lui Eric Hosmer în februarie 2018 și 10 ani și 300 de milioane de dolari lui Manny Machado în februarie 2019.
la 18 Noiembrie 2020, MLB l-a aprobat pe Fowler transferând rolul de președinte către Peter Seidler, care a cumpărat o participație în echipă de la Fowler pentru a deveni cel mai mare stakeholder. Fowler rămâne cu echipa ca vicepreședinte.
