numirea unei noi gene? Este o idee bună să verificați la Proiectul genomului Sanger Center pombe pentru a vedea dacă desemnarea genei dvs. este deja luată. De asemenea, puteți rezerva un nume de genă pentru un anumit locus înainte de publicare. Anchetatorii sunt îndemnați să folosească registrul de gene pentru a rezerva nume, pentru a propune modificări de nume sau pentru a contacta GNC (Comitetul pentru nomenclatura genelor). GNC va aborda nume duplicate, denumiri non-standard și alte astfel de probleme. De asemenea, Comisia va revizui normele privind Nomenclatura, după cum este necesar, pentru a se asigura că acestea sunt actualizate. Accesați Comitetul prin intermediul site-ului de mai sus.
reguli generale de nomenclatură: numele genelor de drojdie de fisiune sunt în general exprimate ca un nume cu trei litere, italic urmat de un număr și un plus pentru tipul sălbatic (cdc19+; plus ar trebui să fie superscriptat în text normal). La mutanți, plusul este înlocuit cu o denumire de alelă (cdc19-P1). Denumirile alelelor variază foarte mult în format; unele sunt litere, unele numere, altele un amestec.
majoritatea anchetatorilor indică ștergeri cu Δ (delta). De exemplu, o întrerupere a genei preferate yfg1+ cu ura4+ este scrisă Δyfg1::ura4+ într-un tabel de tulpini adecvat, deși oamenii folosesc adesea Δ yfg1 sau yfg1Δ ca mână scurtă în text. Recent, yfg1 Δ a devenit denumirea preferată. Pentru alelele de ștergere construite fără o inserție, unii folosesc o denumire de alelă care începe cu D; de exemplu, ura4-D18 este o ștergere a ura4+. Cu toate acestea, nu puteți fi sigur că un „D” într-o denumire de alelă este întotdeauna o ștergere, așa că aveți grijă și citiți literatura. Este puternic încurajat de unii ca alelele de ștergere să primească o denumire unică de alelă, de exemplu, yfg1-D1::ura4+, dar acest lucru nu este tipic. Cu toate acestea, în mai multe cazuri, aceeași genă a fost perturbată în laboratoare diferite, iar fenotipurile variază în funcție de construcția precisă. Fără un identificator unic pentru alela unui anumit laborator, acest lucru a dus la o confuzie considerabilă în literatură.
:: (colon dublu) este utilizat pentru a indica o inserție în genom. Nu trebuie să corespundă unei ștergeri/perturbări, de exemplu, marcarea unui locus prin integrarea unui marker în aval ar fi indicată yfg1+::leu1+ sau yfg1+::pAB123. În general, ceea ce vine înainte de :: este locusul și trebuie să indicați dacă este de tip sălbatic sau mutant; ceea ce vine după :: este ceea ce a fost integrat și trebuie să îl identificați și voi. În unele cazuri, oamenii folosesc un singur colon : pentru a indica o inserție și un dublu colon :: pentru a indica o înlocuire/întrerupere.
proteinele sunt indicate de textul roman. În literatura mai veche, aceasta a fost urmată de un p anexat (de exemplu, Cdc19p). P este deosebit de util pentru persoanele non-drojdie care ar putea fi familiarizat cu convențiile de tip roman versus italic, dar a căzut din favoare. Doar pentru a complica viața în continuare, nomenclatura drojdiei în devenire este diferită: numele genei wildtype sunt cu majuscule italice (LEU2), mutanții (cu excepția cazului în care sunt dominanți) sunt cu majuscule (leu2-3) și numele proteinelor sunt în text roman (LEU2 sau Leu2).
