Fowler era um membro de um grupo minoritário que possuía 49.32 por cento dos Padres. O grupo, liderado pelo então chefe executivo dos Padres Jeff Moorad, tentou comprar os Padres do proprietário controlador John Moores por US $ 530 milhões, mas o negócio acabou em abril de 2012. Fowler então substituiu Moorad como o parceiro geral do grupo minoritário, e ele serviu no Comitê Executivo dos Padres.Fowler juntou—se a um novo grupo para comprar os Padres que incluíam quatro herdeiros da família O’Malley-que possuíam a franquia Los Angeles Dodgers por cinco décadas. Kevin e Brian O’Malley são os filhos do ex-proprietário dos Dodgers, Peter O’Malley, e netos de Walter O’Malley, o proprietário que mudou os Dodgers para oeste do Brooklyn após a temporada de 1957. Peter e Tom Seidler são sobrinhos de Peter O’Malley. A MLB aprovou a venda de US $800 milhões, que terminou em 28 de agosto de 2012. Tanto quanto US $200 milhões do preço de venda incluiu a participação da equipe de 20 por cento na Fox Sports San Diego, um canal a cabo que paga as taxas anuais dos Padres como parte de um acordo de US $1,2 bilhão, de 20 anos. Fowler foi nomeado presidente executivo do grupo proprietário e foi designado para representar os Padres em todas as reuniões da liga. Ele se tornou a primeira pessoa de controle local da equipe desde o proprietário fundador C. Arnholdt Smith. Sob o Fowler/Siedler/O’Malley grupo, os Padres assinaram 3 jogadores para contratos que bater o anterior recorde da franquia contrato, dando aos 6 anos e us $83 milhões para Wil Myers em janeiro de 2017, com 8 anos e r $144 milhões para Eric Hosmer em fevereiro de 2018, e 10 anos e de us $300 milhões para Manny Machado em fevereiro de 2019.Em 18 de novembro de 2020, a MLB aprovou Fowler transferindo o papel de Presidente para Peter Seidler, que comprou uma participação na equipe de Fowler para se tornar o maior stakeholder. Fowler permanece com a equipe como vice-presidente.
