On Oct. 9 de 1962, Uganda tornou-se independente, com o Dr. Apollo Milton Obote, um líder Lango da UPC, como primeiro-ministro. A Buganda obteve uma autonomia considerável. Em 1963, Uganda tornou-se uma república, e Mutesa foi eleita presidente. Os primeiros anos de independência foram dominados por uma luta entre o governo central e Buganda. Em 1966, Obote introduziu uma nova Constituição que acabou com a autonomia de Buganda. Os Baganda protestaram vigorosamente e pareciam prestes a pegar em armas quando Obote capturou o Palácio de kabaka em Mengo, forçou os kabaka a fugir do país, e acabou com a resistência dos Baganda.Em 1967, uma nova constituição foi introduzida dando ao governo central—especialmente ao Presidente—muito poder e dividindo Buganda em quatro distritos; os reis tradicionais também foram abolidos. Em 1969, Obote decidiu seguir um curso de esquerda na esperança de superar as diferenças étnicas e regionais do país através de uma política social comum.Desde então, Uganda passou por tempos turbulentos. Em Jan., 1971, Obote, na época fora do país, foi deposto em um golpe pelo Major-General Idi Amin. Ele deveria governar o país pelos próximos oito anos.Em 1978, Uganda invadiu a Tanzânia numa tentativa de anexar a região de Kagera. A Tanzânia lançou uma contra-invasão bem sucedida em 1979 e efetivamente unificou diferentes forças anti-Amin sob a frente de Libertação Nacional de Uganda (UNLF). As forças de Amin foram expulsas e o próprio Amin fugiu do país.
Uganda deveria ter vários chefes de Estado sob a UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa e Paul Muwanga como o Presidente da Comissão Militar.
UNLF, sofrendo de conflitos internos, foi varrido do poder por Milton Obote e seu partido, o Congresso do Povo de Uganda. O Exército Nacional de Resistência (NRA) realizou campanhas de guerrilha em todo o país e, após a retirada das tropas Tanzanianas em 1981, atacou antigos partidários de Amin. No início da década de 1980, cerca de 200.000 ugandenses procuraram refúgio na vizinha Ruanda, Congo e Sudão. Em 1985, um golpe militar depôs Obote, e o Tenente-General Tito Okello tornou-se chefe de Estado.Quando não lhe foi dado um papel no novo regime, a NRA continuou a sua campanha de guerrilha e tomou Kampala em 1986, e o seu líder, H. E. Yoweri Kaguta Museveni, tornou-se o novo presidente.Uganda adotou uma nova Constituição em outubro de 1995 como a lei suprema da terra que desde então estabeleceu uma Fundação para a governança democrática no país.
